第1章 序章
曾幾何時，在無數個宇宙中流傳著那第一使者的事情……
M80天蠍星球，這裡的人們一直生活在和平之中……
某一天，從太空中飛來的一顆隕石改變了他們的生活……
無數的異生獸在破壞和毀滅他們的家園……
危機時刻，天空中出現了一道銀色的流星般的光芒……
那光芒之中的巨人把異生獸擊退，這顆行星恢復了以往的平靜……
人們為了之後異生獸的再度來襲，製造了以那銀色巨人為樣式的機器人——扎基……
後來因為扎基有了自我意識而暴走，並改造了異生獸來襲擊M80天蠍星……
就在人們絕望的時候，有人提議要炸毀他們的母星，畢竟是自己闖出來的禍，眾人都同意這樣做……
M80天蠍星被來訪者們炸掉之後，扎基並沒有死去，而是被爆炸所產生的黑洞捲入來到了另一個宇宙……
那道銀色光芒之中的巨人得知扎基沒有死去的消息之後，便追趕扎基也來到了這個宇宙……
宇宙之大，想要找到扎基卻是不易……
諾亞，即是那銀色巨人，他在尋找扎基的過程中，發現了一頭異生獸……
諾亞怕會釀成當年M80那樣的情況，於是把扎基的事情先放下，優先追趕異生獸……
異生獸THE ONE被諾亞追趕而逃到了地球，諾亞也因為筋疲力盡而不得不暫時留在地球……
THE ONE在地球上附身到一名叫做有動貴文的男子身上，而諾亞在一次意外之下化為的紅色光球撞毀了一名飛行員的戰鬥機，於是把自己的生命與那名飛行員一心同體……
那名航空自衛隊飛行員的名字叫做真木瞬一，奇蹟生還的真木因為The One怪物事件的影響被特殊軍事機關BCST視為危險人物並進行強制禁閉監視……
BCST強制監視真木的目的是為了引誘The One的出現。可是，The One的進化能力十分驚人，迎戰的自衛隊無法抵抗他的攻擊……
受到The One的襲擊，真木舜一被打倒的時候隱藏在體內的赤色發光體發生變化。作為第二個未知生命存在的真木舜一，變身成未知生命體The Next，與The One對立……
在新宿與THE ONE戰鬥並將其消滅之後，真木舜一甘願把生命還給他，並向諾亞講述了身為父親無法履行與兒子的約定的遺憾，奈克斯特最終被感動並救回了他的性命，後與之分離化作光沉睡在地球……
但是……
The One被消滅後的碎片進化成了強大的「異生獸」……
近來世界各地不斷有「異生獸」作亂的報告，為了暗中解決這個問題，成立了世界性的防衛組織TLT的下屬特種部隊夜襲隊NR（Night Raider），他們的任務就是秘密消滅「異生獸」……
但是，巨型「異生獸」突然出現在擁有驕人戰績的夜襲隊面前，他們陷入了苦戰……
就在這時，神秘的銀色巨人——奈克瑟斯奧特曼出現並為夜襲隊解了圍……
奈克瑟斯·奧特曼的適能者——一度失蹤的戰地攝影師——姫矢准也出現了……
他在巨大化後，將異生獸拉到這個空間內進行戰鬥。隨後，TLT的切斯特戰機進行合體後也可以進入這個空間，與奈克瑟斯一起作戰……
TLT的新隊員，孤門一輝，他與和倉隊長以及其他的隊員一起處理著繁忙的任務……
可是自從他遇到姬矢准後便對自己的任務以及周圍的環境產生了疑問：組織究竟隱藏著怎樣的秘密？隊員們的過去又是如何的？奈克瑟斯和異生獸的原形到底是什麼？……
孤門和姬矢建立了深厚的友誼，並開始一步步地揭開謎底……
一天孤門去到女友齋田莉子家中，竟發現空無一物，而且荒廢甚久，孤門覺得情況有異。追查下竟發現莉子與家人已在半年前車禍中死去……
原來莉子被某人賜予了重生的力量，但其實只是變成一個傀儡，她會在不自覺的情況下變成黑暗浮士德……
奈克瑟斯與黑暗浮士德展開最後之戰時，異生獸的攻擊幾乎擊中孤門時，莉子突然覺醒過來，為孤門擋了這一擊，黑暗浮士德頓時鮮血狂噴……
當孤門回到真實空間時，莉子已陷入瀕死狀態，無奈孤門只能抱著她、看著她化成光消失於眼前……
浮士德事件其實幕後的黑手正是前TLT的副隊長——溝呂木真也……
數年前溝呂木真也在行動中與黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的誘惑下，溝呂木便出賣靈魂，與黑暗梅菲斯特結合……
與奈克瑟斯的多次惡鬥下，兩人仍分不出勝負……
這時黑暗梅菲斯特竟喚出姬矢准第一頭對付的異生獸——「地獄三頭犬」伽魯貝洛斯……
姬矢准悲傷的回憶和恐懼竟再次被喚起，陷於苦戰。且經過多番的戰鬥下，姬矢準的身體已破損不堪，加上其隨後被TLT捉拿進行實驗，身體情況更是雪上加霜……
此時黑暗梅菲斯特派出異生獸庫土拉引誘奈克瑟斯到臨終之地決戰。被奈克瑟斯多次救回的夜襲隊也終於對奈克瑟斯認同，更利用鉻金切斯特戰機的終極射線喚醒暈倒的奈克瑟斯……
奈克瑟斯與黑暗梅菲斯特終在火光中雙雙消失。在光芒之中孤門見到姬矢准，他便預言光會被某人繼承…
